Nach den Schwierigkeiten durch wechselnde Schulleitungen, Beseitigung von Gebäudeschäden, Wiederaufbau und Schichtunterricht (zwei Schulen waren in einem Gebäude untergebracht und hatten umschichtig Unterricht, eine Woche lang die eine morgens, die andere nachmittags, in der darauffolgenden Woche umgekehrt) kam die Cecilienschule unter der Leitung von Frau Elisabeth Claassen wieder in ruhigeres Fahrwasser. Die Zahl der Schülerinnen stieg stetig, erreichte bald wieder die Zahl von 1.000, die sie bereits 1927 einmal gehabt hatte, und wuchs sogar auf über 1.150 an. So war die zunehmende Raumnot das große Problem. Als seit 1957 Überlegungen für einen Schulneubau anliefen, dabei aber eine Beschränkung auf 24 Klassen geplant war, zeichnete sich die Teilung der Schule in ein neusprachliches Gymnasium und eine Frauenoberschule ab. Dieser Zweig hatte besonders stark zugenommen und geriet wegen der fehlenden Voraussetzungen für den hauswirtschaftlichen Unterricht in Schwierigkeiten.
Schließlich kam es Anfang der 60er Jahre zur Planung und Durchführung des Neubaus am heutigen Standort, wobei die Teilung vermieden werden konnte, da in dem Gebäude etwa 1.000 Schülerinnen einigermaßen komfortabel untergebracht werden konnten. Obwohl das Leben in dem alten Bau schwierig, ja mitunter wegen des bedenklichen Bauzustandes sogar gefährlich gewesen war, verließen viele beim Umzug im Januar 1965 mit wehmütigen Gefühlen die Innenstadt.
An der neuen Stelle konnten sich jetzt manche Bereiche des Schullebens besonders gut entfalten: Das war im naturwissenschaftlichen Unterricht, in der Hauswirtschaft, in der Musik und im Sport besonders zu beobachten. Die Aula bot mit ihrer guten Akustik den ersehnten Rahmen für Veranstaltungen mit verschiedenen Musikgruppen und den Chören, ja sogar für die Aufführung von Schulopern und für literarische Veranstaltungen. Eine Bereicherung erfuhr diese Arbeit durch die Chorreisen und die damit möglichen Begegnungen mit anderen Jugendlichen im In- und Ausland.
In dieser Zeit war die Cecilienschule durch drei Zweige gekennzeichnet: den neusprachlichen Zweig, in dem Englisch und Französisch die charakteristischen Prüfungsfächer neben Deutsch und Mathematik waren, den sozialwissenschaftlichen Zweig, der die Sozialwissenschaften als kennzeichnendes Fach enthielt, und das Gymnasium für Frauenbildung. Die beiden erstgenannten Zweige führten zur allgemeinen Hochschulreife, während der dritte mit dem Erwerb der Fachhochschulreife abschloss.